安装Bioconductor软件包

Question

我在我的ubuntu上安装了R(3.4.0)。我想用EdgeR包。我尝试按照Bioconductor网站上提供的安装说明来安装Bioconductor软件包。

我在R中使用了以下命令：

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

但是我得到了以下错误：

    BioC_mirror: https://bioconductor.org
    Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.0), R 3.4.0 (2017-04-21).
    installation path not writeable, unable to update packages: spatial

我是linux的新手，不知道如何修复这个错误。

有没有人知道我怎么解决这个问题。

Answer 1

您还可以使用devtools：

devtools::install_bioc("edgeR")

Answer 2

如果不支持https:// URL，则可以尝试http://

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")