从bash脚本执行R文件

Question

我需要一遍又一遍地运行相同的R脚本，每次运行都使用不同的参数。我已经编写了R部分，它可以工作。我正在尝试将此过程与我编写的一些其他Java工具集成在一起，这些工具将需要用于由R脚本更改的文件。因此，我尝试从Java运行我的R文件。我尝试使用命令行提示符运行它: RScript TestR.R (此命令在终端中有效)，但不起作用。因此，我正在尝试从bash文件运行我的R脚本。我正在使用与上面相同的命令，并且我的bash文件可以执行其他命令，但是由于某种原因，当我尝试运行R文件时没有任何反应。我使用的java命令是

Process proc = Runtime.getRuntime().exec("absolute-path/testbash.sh");

我不确定要查找的输出格式。目前，它运行时没有任何运行时错误。

更新:当我检查ErrorStream时，它显示为"Rscript: command not found"

更新:我使用"/usr/local/bin/RScript"作为命令解决了这个问题

Answer 1

您可以通过以下方式进行操作：

new ProcessBuilder("<absolute-path-to-script>/testbash.sh").start();

Answer 2

使用简单的R代码，我发现在Java中从终端调用RScript并解析R代码的输出会更容易。如果您以一种易于解析的格式打印您想要的任何信息，这可以很好地工作。

例如，我将在Java中调用如下所示的函数

private ArrayList<String> runCommand(String command)
{
    try
    {
        Runtime rt = Runtime.getRuntime();
        Process proc = rt.exec(command);

        BufferedReader stdInput = new BufferedReader(
            new InputStreamReader(proc.getInputStream()));

        String lastReadLine = null;
        ArrayList<String> output = new ArrayList<>();
        while((lastReadLine = stdInput.readLine()) != null)
            output.add(lastReadLine);
        return output;
    }
    catch(Exception ex) { throw new RuntimeException("[RunCommand]: Exception when trying to execute command: " + ex.getMessage()); }
}

使用参数\pathTo\RScript \pathTo\MyRCode.R并解析Java语言中的结果ArrayList<String>，以获得R代码生成的任何信息。

还有其他方法可以做到这一点。您可能会从R代码中写出一些JSON文件，并在R代码输出中返回指向该文件的路径，然后Java可以解析和读取该文件。或者，您可以使用市面上许多R-Java互操作库中的一个(只需google)。

希望这能帮上忙。