如何使用Nibabel从Nifti图像中获取图像强度矩阵？

Question

我是NiBabel的新手。我想知道如何使用这个库从Nifti图像中获得强度矩阵。我使用以下脚本来获取体素：

import nibabel as ni
example_img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

一开始我认为数据包含体素的强度，但当我打印它时，我看到了负值，在图像中有负强度似乎很奇怪，你不这样认为吗？我需要在nifti图像中获得体素的强度，是否可以使用nibabel？如果没有，你能给我一个其他的解决方案吗？谢谢。

Answer 1

不确定如何获得负体素值，但这里有一种将NifTi图像显示为矩阵的方法：

import nibabel as ni
img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

mat = []

for i in range(img.shape[0]):
  plane = []
  for j in range(img.shape[1]):
    row = []
    for k in range(img.shape[2]):
        row.append(data[i][j][k])
    plane.append(row)
  mat.append(plane)

现在，您可以将变量"mat“打印出来/存储在文本文件中。

Answer 2

不是的。你可以有底片和nan。

这些代表了大脑之外的体素。强度只是输出的

data = example_img.get_fdata()

注意:使用get_fdata而不是get_data，总是可以得到浮点数值数组。

Answer 3

另一种直接使用的方法是使用nltools :：Brain_Data函数将数据直接提取到一维数组中。虽然不是Nibabel，但与您的逻辑相似。

from nltools.data import Brain_Data
img = Brain_Data('myImage.nii')
data = img.data