使用R包(dismo)下载亚种数据

Question

我想使用dismo (R packages)下载gbif物种出现数据，用于物种分布分析。我已经阅读了指南，并在大多数情况下成功地进行了我们的分析。我在这里使用了代码。

gbif("genus","species", geo=FALSE)

但是，我想将某些亚种分开单独分析。有没有什么方法可以从某些亚种中提取信息？

Answer 1

基于gbif的文档和dismo的vignettes，我们可以将*附加到物种名称，以获得该物种名称下的所有变体。下面的示例从vignettes下载Solanum acaule下的所有记录。

acaule <- gbif("solanum", "acaule*", geo = FALSE)

得到的数据帧acaule包含115个变量，大约有7000条记录。在这些变量中，scientificName列包含该记录的全名。我们可以使用该列来识别与某个亚种相关的记录。

例如，我们可以首先使用table函数来查看每个物种名称的数量。

table(acaule$scientificName)

                             Solanum acaule Bitter 
                                              5608 
                      Solanum acaule subsp. acaule 
                                              1444 
Solanum acaule subsp. punae (Juz.) Hawkes & Hjert. 
                                                14 
           Solanum acaule var. punae (Juz.) Hawkes 
                                                 9 
       Solanum acaule var. subexinterruptum Bitter 
                                                 2 
                        Solanum schreiteri Bukasov 
                                                 2 
                         Solanum uyunense Cárdenas 
                                                 2

现在，我们可以根据scientificName中的关键字对数据帧进行子集，以找到我们想要的记录。假设我们只想在其scientificName中包含subsp.的记录，我们可以执行以下操作：

acaule_sub <- subset(acaule, grepl("subsp.", scientificName, fixed = TRUE))

现在acaule_sub是一个有1458条记录的数据帧，这些记录都具有与"subsp.“相关的学名。

不确定这是否是你所需要的，但我希望它能有所帮助！