通过因子拟合和校准数据帧

Question

首先，我使用RStudio。我有一个数据帧(APD)，我想将w.r.t拟合到因子Serial_number。拟合是一种lm拟合。然后我想使用这个fit来做一个校准(calibrate() out of the investr package)。

以下是我的数据的示例图片：

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下面是数据：Data

目前，我使用以下几行代码通过Serial_number进行拟合：

Coefficients<- APD %>% 
  group_by(Serial_number) %>% 
  do(tidy(fit<- lm(log(log(Amplification)) ~ Voltage_transformed, .)))

但是在这里，我不能应用calibrate()-function。Calibrate函数需要一个继承自"lm“的对象。而tidy只适用于S3/S4对象。

你有什么想法吗？

Answer 1

在您发布的代码中，您将尝试rbind每个模型的预测值，而不是系数。系数的函数是coefficients(object)。

我还建议取消代码的嵌套，因为这会使以后难以阅读和更改。这里有两个通用函数(每个函数都做了假设，因此可以根据需要进行编辑)：

lm_by_variable <- function(data_, formula_, byvar) {
  by(
    data_,
    data_[[byvar]],
    FUN      = lm,
    formula  = formula_,
    simplify = FALSE
  )
}


combine_coefficients <- function(fit_list) {
  all_coefficients <- lapply(fit_list, coefficients)
  do.call('rbind', all_coefficients)
}

lm_by_variable(...)应该是不言而喻的: group by byvar，在每个子集上使用带有给定公式的lm，并且不要简化结果。简化结果真的只对交互式工作有用。在脚本中，最好确切地知道将返回什么。在本例中，是一个列表。

下一个函数combine_coefficients(...)返回拟合系数的matrix。它假设fit_list中的每个拟合模型都具有相同的项。我们可以添加逻辑使其更健壮，但在这种情况下似乎没有必要。