GRanges -如何获得每个碱基的得分向量(R /生物信息学)

Question

我正在学习R中的GRanges文库(Bioconductor)来处理我的基因组数据。

my GRange looks like:
chrI [1, 10] * | 100
chrI [11, 20] * | 200

我想得到一个包含GRange length 1:20分数的向量，但是我总是在GRange中得到每行的分数。

myvec <- mygrange$score   # return [100, 200]
myvec <- coverage(mygrange, weight="score")   # return [100, 200]
myvec <- as.vector(mcols(mygrange)$score)   # return [100, 200]

..。所有结果都返回长度为2而不是20的向量。

谁能解释一下如何获得每个基本分辨率的得分数据向量？

Answer 1

> gr = GRanges(c("chrI", "chrI"), IRanges(start=c(1, 11), width=c(10, 10)), mcols=data.frame(score=c(100, 200)))
> gr
GRanges object with 2 ranges and 1 metadata column:
      seqnames    ranges strand | mcols.score
         <Rle> <IRanges>  <Rle> |   <numeric>
  [1]     chrI  [ 1, 10]      * |         100
  [2]     chrI  [11, 20]      * |         200
  -------
  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths
> vec <- rep(gr$mcols.score, width(gr))
> vec
 [1] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200