如何使用Python绘制所有峰值

Question

我正在使用peakutils Python包检测我的数据中的峰值( estimated.csv - found here的第二列)(单击链接)。

下面是我用来查找峰值的代码：

#/usr/bin/python -tt

import pandas as pd
import peakutils

estimated_data = pd.read_csv("estimated.csv", header=None)
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data
print(col2[:]) # Print all the rows
index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)
print(index) 

峰值检测工作得非常好。我想绘制所有检测到的峰值，就像在下面的教程中一样。

https://plot.ly/python/peak-finding/

但看起来plotly似乎不能离线工作。有没有不同的方式来使用像matplotlib这样的Python包

Answer 1

使用matplotlib绘制峰值可以通过使用带有标记的图来完成。通过从peakutils函数找到的索引对数据进行索引。

import pandas as pd
import peakutils
import matplotlib.pyplot as plt

estimated_data = pd.read_csv("data/estimated.csv", header=None)
col1 = estimated_data[:][0] # First column data
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data

index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)

plt.plot(col1,col2, lw=0.4, alpha=0.4 )
plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ls="", ms=3 )

plt.show()

​

​

为了用一条线连接峰值(如评论中所要求的)，on将简单地省略ls=""，

plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ms=3 )

​

​