Sun GridEngine作业阵列随机读取文件失败

Question

我使用SGE任务数组功能来完成我的工作:首先读取一个原型，然后读取不同的数据进行计算。然而，有时，当读取原型时，作业会失败。该错误表明原型不存在或不完整。但我确信prototype文件存在并且是完整的

qsub -q HTS_QUEUE -R y -r y -S /usr/bin/perl -cwd -t 1-$nphonemes Training.pl ./Config/Config.pm.2

以上是我的命令。

请给我一些建议。谢谢。

Answer 1

我猜原型是某个共享文件系统上的一个文件？

1. 如果是这种情况，一种可能是运行作业的节点上没有挂载相关的文件系统。
2. 另一种可能是文件位于网络文件系统上，该网络文件系统有时会生成瞬时错误，例如软挂载的。如果是这种情况，并且您不能或不想修改您的代码来处理错误，那么您可以使用例程将实际代码括起来，这些例程将原型和结果复制到节点本地存储和从节点本地存储复制，同时检查和处理瞬时错误。然后在那个副本上工作。