使用R包Vegan，是否可以在不手动添加元数据的情况下将不同因子的椭圆添加到NMDS图中？

Question

我正在尝试对一个大型数据集执行NMDS排序，该数据集包含超过50个不同时间点和不同采集点的样本点。每个采样点都有数千个为其排序/组装的OTU。

我知道添加省略号的一种方法是手动添加“元数据”，它可以合并到NMDS图中，如此question所示。

然而，我想添加省略号，而不必经历前面问题中所示的繁琐且可能容易出错的手动添加元数据的过程。

有没有办法让我以某种方式“自动化”这个过程？我的样本点的标题都是相同的格式，一个典型的例子是'12.14.2011.NP‘。‘'NP’代表其中一个样本站点。

我想知道如何为所有的'NP‘点创建椭圆-以及所有其他不同的样本站点。它们都是由一个特定的缩写命名的。

谢谢。

Answer 1

如果您有一个变量，其中包含级别、名称或省略号的其他标识符，则可以使用这些变量。如果这些标识符嵌入到其他字符串中，则应该删除不必要的部分。请参见gsub、substring、strsplit以操纵字符串。如果您的所有名称都是您给出的类型，并且您想要删除数字和点并保留字符，则可以这样做：

gsub('[0-9.]', '', '12.14.2011.NP')

或数据框mydata中的所有名称

gsub('[0-9.]', '', rownames(mydata))