在bash循环中运行R函数

Question

我有一个名为ggplot_cnv.R的脚本，其中包含几个函数。

其中一个函数接受文件作为输入，并输出ggplot2图：

plot.notch <- function(cnv_file, from=NA, to=NA) {
...
}

我希望能够在多个文件上运行此功能。我知道您可以使用Rscript将文件作为arg传递，然后将其发送到ggplot_cnv.R中的函数，但是有没有一种方法可以不用在我的主脚本(ggplot_cnv.R)中使用args呢？

例如，如何在bash For循环中调用脚本ggplot_cnv.R中的plot.notch函数(这不起作用)：

for f in $(ls data/*.cnv); do
  Rscript -e "ggplot_cnv.R::plot.notch(cnv_file = $f)";
done

Answer 1

我认为也许你可以使用R CMD BATCH来做这样的工作。

Usage:

     R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Answer 2

littler程序将提供您正在寻找的功能。http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.examples.html提供了几个示例