Gfortran在本地安装R-devel时出错

Question

我已经在网上转了好几个小时了，所以我放弃了，需要向专业人士请教。

我正在尝试在Ubuntu服务器上的本地文件夹中安装R的更新版本。我需要一个特定的包(Phangorn)，但是R的系统范围副本太旧了，我不能升级它，因为它会破坏太多其他人的依赖(而且我不是管理员)。

因此，我下载了R-devel的最新版本，并遵循了这些优秀的说明(http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315)。我不得不安装我自己的zlib、liblzma (XZ)和pcre (现在在~/packages中)的副本。我似乎不需要做curl和bzip2。这造成了足够多的问题，但在经过多次修改之后，我成功地编译了R。

但是，当我尝试在其中安装Phangorn时，它给出了以下错误：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [igraph.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/igraph’
ERROR: dependency ‘igraph’ is not available for package ‘phangorn’
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/phangorn’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpahSdck/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning messages:
1: In install.packages("phangorn") :
  installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status
2: In install.packages("phangorn") :
  installation of package ‘phangorn’ had non-zero exit status

所以据我所知，Phangorn依赖于igraph，而igraph依赖于gfortran，而R找不到它。

它看起来和这个线程中详细描述的问题是一样的：Building R package getting error "ld: cannot find -lgfortran "

但是所有的解决方案似乎都需要软链接，因此需要sudo，这完全违背了我进行本地安装的意义：

我在这里有什么选择？如果我为我自己的目录下载lgfortran (假设这已经解决了这个问题)，我应该把它链接到哪里？

Answer 1

这些都不是“优秀的指令”，因为它们是针对RHEL6的，而不是针对Ubuntu的。所以你有一个阻抗不匹配。

在Ubuntu上，您最快的选择(如果您有src-dep依赖项)是

sudo apt-get build-dep r-base

第二个最快的方法是查看包元数据源代码，从debian/control读取构建依赖项(但似乎没有在线副本)。

至于phanghorn，您也可以尝试下载它的源代码，然后编辑掉对特定R版本的要求，看看会发生什么--有时这只是一些小插曲的更改，根本不会影响您的可用性。

最后，由于缺少gfortran组件而无法构建igraph，因此构建失败。如果可以的话，安装与您的编译器版本相对应的libgfortran-*-dev包--并且安装r-base-dev应该可以保证它。

最后但并非最不重要的一点是，考虑像Docker这样的工具来运行已安装程序的本地变体。