f2py无法与NetCDF库链接-

Question

我正在尝试使用f2py在我的系统中安装一些Python模块，这些模块与海洋模型相关(用Fortran90编写)。我在使用f2py时遇到了一些问题。具体地说，即使我安装了所需的库和包含文件，f2py也无法链接到NetCDF库。我在64位机器上的Ubuntu16.04上使用Python 2.7和Anaconda 2。我正在使用gfortran。

为了测试它的工作，我写了一小段代码-一个包含一个小的子例程的f90模块。该子例程执行基本的数学任务，并调用打印已安装的NetCDF版本的NetCDF例程。模块(testsub.f90)如下：

module testsub
implicit none

contains

subroutine f_sum(a, b, s)
!#include 'netcdf.inc' 
  use netcdf
  real(8) :: a, b, s
  s = a+b;

  !Calls a function that prints the netcdf version
  write(*,*) trim(nf90_inq_libvers())
end subroutine f_sum

end module

testsub的makefile是：

#Fortran compiler
FC=gfortran

NCLIB = -L/home/sonaljit/anaconda2/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu -lpython2.7
NCINC = -I/home/sonaljit/anaconda2/include

#f2py and flags
F2PY = /home/sonaljit/anaconda2/bin/f2py
PYFLAGS = "-fPIC -g -O2 -fdefault-real-8"

pytest : testsub.f90
        $(F2PY) --fcompiler=$(FC) --f90flags=$(PYFLAGS) -c $(NCINC) -m testpymod testsub.f90 $(NCLIB)

clean :
        rm testpymod.so

我已经在给定的路径中安装了NetCDF库和包含文件。当我使用make pytest运行makefile时，我得到以下错误：

/usr/bin/ld: /home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a(netcdf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

但是，当我注释掉模块中的NetCDF行时，我没有看到这个错误。看起来f2py不能链接到NetCDF例程。这里的错误可能是什么？这是因为代码的结构吗？或者，我需要包含一些其他库吗？

Answer 1

您正在编译共享(动态)库，并且应该使用NetCDF的共享库版本。

如果您自己安装了NetCDF (如/home/sonaljit中的路径所示)，则应安装.so版本并与此版本链接。