在OSX上编译具有openMP支持的cython

Question

我使用的是安装了xcode最新版本的OSXv10.11.6。所以我的默认编译器是gcc，它实际上是clang。我已经使用自制软件安装了gcc5，这样我就可以使用openMP了，并且通过在我的Makefiles中为我的C源代码设置CC := g++-5，我可以成功地使用-fopenmp编译C源代码。

我想要做的是让Cython使用gcc5进行编译，这样我就可以使用Cython的原生prange特性，如一个最小的示例here所示。我从Neal Hughes的页面上借用，用this gist写了一个最小的例子。当我尝试使用setup.py编译omp_testing.pyx时，我得到一个(可能不相关的)警告和致命错误：

cc1plus: warning: command line option '-Wstrict-prototypes' is valid for C/ObjC but not for C++
omp_testing.cpp:1:2: error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
 #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
  ^
error: command 'g++-5' failed with exit status 1

在读取How to tell distutils to use gcc?之后，我尝试在setup.py中设置CC环境变量，但这不起作用。我应该如何修改我的Cython setup.py文件以使用g++-5进行编译？

Answer 1

显然，苹果在一段时间前就放弃了对OpenMP的支持，因此，你不能用标准的gcc来编译包含这种依赖的代码。解决这个问题的一个好方法是安装LLVM并使用它进行编译。以下是对我起作用的序列：

安装LLVM：

brew install llvm

将OpenMP标志(-fopenmp -lomp)包含到setup.py：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize, build_ext


exts = [Extension(name='name_of_your_module',
                  sources=['your_module.pyx'],
                  extra_compile_args=['-fopenmp'],
                  extra_link_args=['-lomp']
                  )]

import numpy as np

setup(name = 'name_of_your_module',
      ext_modules=cythonize(exts,
      include_dirs=[np.get_include()],
      cmdclass={'build_ext': build_ext})

然后用LLVM编译代码：

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++ python setup.py build_ext --inplace

这应该会产生并行化的.so