用h5py在python中读取HDF5_5格式的MATLAB文件

Question

我正在尝试使用h5py库在python中读取hdf5格式的MATLAB文件。这个文件叫做"Q_visSDF_accurate.mat“，有两个键："filename”和"sdf“。"filename包含一个单元格数组字符串。" sdf“是一个包含浮点数的6001,49380矩阵。我使用以下代码提取变量sdf没有问题：

import h5py
data = h5py.File("Q_visSDF_accurate.mat", 'r')
sdf = data.get("sdf")[:,:]
sdf = sdf.astype(float)

但是，我无法读取filename变量。我试过了：

filename = data.get("filename")[0]

但是代码会返回：

array([<HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>,
   <HDF5 object reference>, ..., <HDF5 object reference>,
   <HDF5 object reference>, <HDF5 object reference>], dtype=object)

我可以取消引用filename变量的容器吗？使用hdf5storage包不是一个解决方案，因为它只适用于python32位，并且只能读取matlab变量的一个子集。

Answer 1

在Octave中，我创建了一个包含单元格和矩阵的文件

>> xmat = [1,2,3;4,5,6;7,8,9];
>> xcell = {1,2,3;4,5,6;7,8,9};
>> save -hdf5 testmat.h5 xmat xcell

在带有h5py的ipython中，我发现这个文件包含两个组

In [283]: F = h5py.File('../testmat.h5','r')
In [284]: list(F.keys())
Out[284]: ['xcell', 'xmat']

矩阵组具有type和value数据集：

In [285]: F['xmat']
Out[285]: <HDF5 group "/xmat" (2 members)>
In [286]: list(F['xmat'].keys())
Out[286]: ['type', 'value']
In [287]: F['xmat']['type']
Out[287]: <HDF5 dataset "type": shape (), type "|S7">
In [288]: F['xmat']['value']
Out[288]: <HDF5 dataset "value": shape (3, 3), type "<f8">
In [289]: F['xmat']['value'][:]
Out[289]: 
array([[ 1.,  4.,  7.],
       [ 2.,  5.,  8.],
       [ 3.,  6.,  9.]])

该单元具有相同的type和value，但value是另一组：

In [291]: F['xcell']['type']
Out[291]: <HDF5 dataset "type": shape (), type "|S5">
In [292]: F['xcell']['value']
Out[292]: <HDF5 group "/xcell/value" (10 members)>

In [294]: list(F['xcell']['value'].keys())
Out[294]: ['_0', '_1', '_2', '_3', '_4', '_5', '_6', '_7', '_8', 'dims']
...
In [296]: F['xcell']['value']['dims'][:]
Out[296]: array([3, 3])

我必须使用[...]来获取单元格的值，因为它是一个0d数组：

In [301]: F['xcell']['value']['_0']['value'][...]
Out[301]: array(1.0)

要真正复制这个问题，我应该创建字符串单元格值，但我认为这已经很好地说明了单元格是如何存储的-作为数据组中的命名数据集。

我假设Octave h5存储器与MATLAB的兼容。