使用knitr::purl的块引用

Question

在我看来，knitr::purl不处理块引用。参见例如

cat('
```{r label, eval = FALSE}

print("Second: hello world!")

This is first.

```{r ref.label = "label", echo = FALSE}

', file = "test.Rmd")

现在我们用knit和purl来处理这个问题。

knitr::knit("test.Rmd", "test.md")
knitr::purl("test.Rmd", "test.R")

cat(readLines("test.md"), sep = "\n")

#> ```r
#> print("Second: hello world!")
#> ```
#>
#> This is first.
#>
#>
#> ```
#> ## [1] "Second: hello world!"
#> ```

cat(readLines("test.R"), sep = "\n")

#> ## ----label, eval = FALSE---------------------------------------------
#> ## print("Second: hello world!")
#>
#> ## ----ref.label = "label", echo = FALSE-------------------------------
#>

我不完全确定echo=FALSE对purl意味着什么，但echo=TRUE也不能工作。purl=TRUE和/或eval=TRUE也产生相同的结果。

我是不是误解了什么？purl不应该只输出knit运行的代码吗？

Answer 1

以下是我作为变通办法所做的工作。对于我不想运行但想要包含在.html和.R输出中的块，我指定了purl = TRUE，例如

```{r label, eval = FALSE, purl = TRUE}

server <- function(输入、输出、会话){

rvs <- reactiveValues(data =空)

..。

}

然后用通常的方式来指代它们，但用purl = FALSE例如

```{r ref.label = label, purl = FALSE, echo = FALSE}

然后使用此后处理函数取消注释具有purl = TRUE的部分

postprocess <- function(file) {

  lines <- readLines(file)

  include <- grep("^## ---.*purl = TRUE.*$", lines)
  empty <- grep("^\\s*$", lines, perl = TRUE)

  do_chunk <- function(start) {
    start <- start + 1L
    if (start > length(lines)) return()
    ## first empty line after start
    end <- empty[empty >= start][1]
    if (is.na(end)) end <- length(lines)
    lines[start:end] <<- sub("^## ", "", lines[start:end])
  }

  lapply(include, do_chunk)

  writeLines(lines, con = file)
}