是否可以将na.rm全局设置为TRUE？

Question

对于像max这样的命令，默认情况下选项na.rm被设置为FALSE。我理解为什么这通常是一个好主意，但我想在一段时间内可逆地关闭它--即在会话期间。

当R是一个选项时，我如何才能要求R设置na.rm = TRUE？我发现

options(na.action = na.omit)

但这不管用。我知道我可以为我编写的每个函数设置一个na.rm=TRUE选项。

my.max <- function(x) {max(x, na.rm=TRUE)}

但这不是我要找的。我想知道是否有一些事情我可以做得更全局/更普遍，而不是为每个函数都做。

Answer 1

无法将na.rm全局更改为TRUE。(见Hong Ooi在问题下的评论。)

编辑：

不幸的是，您不想要的答案通常是唯一有效的。没有像na.action那样的全局选项，它只影响lm、glm等建模函数(即使在那里，也不能保证在所有情况下都能工作)。-洪晃7月2 '13在6:23

Answer 2

一种解决方法(危险)是执行以下操作：

1. 列出所有以na.rm作为参数的函数。在这里，我将搜索限制在基包中。na.rm = TRUE
2. Assign
3. 获取每个函数，并将该行添加到其主体的开头:将函数返回到基包。

因此，首先我将所有以na.rm为参数的函数存储在一个列表(ll)中：

uses_arg <- function(x,arg) 
  is.function(fx <- get(x)) && 
  arg %in% names(formals(fx))
basevals <- ls(pos="package:base")      
na.rm.f <- basevals[sapply(basevals,uses_arg,'na.rm')]

编辑更好的方法来获得所有na.rm的参数函数(感谢mnel注释)

Funs <- Filter(is.function,sapply(ls(baseenv()),get,baseenv()))
na.rm.f <- names(Filter(function(x) any(names(formals(args(x)))%in% 'na.rm'),Funs))

因此，na.rm.f列表如下所示：

 [1] "all"                     "any"                     "colMeans"                "colSums"                
 [5] "is.unsorted"             "max"                     "mean.default"            "min"                    
 [9] "pmax"                    "pmax.int"                "pmin"                    "pmin.int"               
[13] "prod"                    "range"                   "range.default"           "rowMeans"               
[17] "rowsum.data.frame"       "rowsum.default"          "rowSums"                 "sum"                    
[21] "Summary.data.frame"      "Summary.Date"            "Summary.difftime"        "Summary.factor"         
[25] "Summary.numeric_version" "Summary.ordered"         "Summary.POSIXct"         "Summary.POSIXlt" 

然后，对于我更改正文的每个函数，代码的灵感来自于data.table包(FAQ2.23)，该包在rbind.data.frame和cbind.data.frame的开头添加了一行。

ll <- lapply(na.rm.f,function(x)
  {
  tt <- get(x)
  ss = body(tt)
  if (class(ss)!="{") ss = as.call(c(as.name("{"), ss))
  if(length(ss) < 2) print(x)
  else{
    if (!length(grep("na.rm = TRUE",ss[[2]],fixed=TRUE))) {
      ss = ss[c(1,NA,2:length(ss))]
      ss[[2]] = parse(text="na.rm = TRUE")[[1]]
      body(tt)=ss
      (unlockBinding)(x,baseenv())
      assign(x,tt,envir=asNamespace("base"),inherits=FALSE)
      lockBinding(x,baseenv())
      }
    }
  })

不，如果你检查，我们列表中每个函数的第一行：

unique(lapply(na.rm.f,function(x) body(get(x))[[2]]))
[[1]]
na.rm = TRUE

Answer 3

对于我的R包，我覆盖了现有的函数mean和sum。感谢伟大的Ben (下面的评论)，我将我的函数修改为：

mean <- function(x, ..., na.rm = TRUE) {
  base::mean(x, ..., na.rm = na.rm)
}

在此之后，用mean(c(2, NA, 3)) = 2.5代替NA。

而对于sum

sum <- function(x, ..., na.rm = TRUE) {
  base::sum(x, ..., na.rm = na.rm)
}

这将产生sum(c(2, NA, 3)) = 5而不是NA。

sum(c(2, NA, 3, NaN))也可以工作。