根据R，OTU表与元数据表(表头)不匹配

Question

我已经为此工作了一个多星期，但它仍然不起作用。我在r中使用了包''RAM'‘，更具体地说，使用了OTU.diversity函数：

*汇总OTU表的多样性指数

描述

这些函数计算所有样本的多样性指数，并将输出作为新列附加到元数据表。

用法

OTU.diversity( data，meta)参数数据OTU表的列表。元数据以附加输出。

详细信息

对于给定的otu表，此函数汇总以下多样性指数: specnumber、shannon、simpson、invsimpson、true多样性、均匀性、chao和ACE指数。

价值

此函数返回每个样本的多样性索引向量，并将其附加到给定元数据表。*

我的命令行是：

tabletemp <- read.table(paste(pathDataAn, "ITS.table.tsv", sep = ""),
                  sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                  as.is = TRUE, check.names = FALSE, colClasses=c("row.names"="character", "taxonomy"="character"))
tabletemp$row.names <- NULL
metatemp <-  read.table(paste(pathDataAn, "ITS.meta.tsv", sep = ""),
                  sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                  as.is = TRUE)
temp2 <- OTU.diversity(list(data=tabletemp), metatemp)

输出是这样的：

.valid.meta中出错(otu，meta = meta)：otu1和meta的示例名称不同。它们可能会出现故障。在otu1中，不是在元中: EM13S01RV EM13S02RV EM13S03FW EM13S03RV...(我所有样本的列表)在元中，而不是在otu1中：

1，2，3，...

我已经验证了每个标头都是相同的，并且顺序完全相同。它们都是正确排列的。请帮帮我，我不明白为什么它看起来不能正确阅读这些表格。

Answer 1

周末，我想我需要告诉软件列标题(OTU表)与行名(元数据表)相匹配

行名(Metatemp) <- colnames(tabletemp)-ncol(tabletemp)