如何在bash单行中传递两个参数？

Question

假设我有一个需要两个参数命令，例如

bismark -1 R1_1.fastq -2 R1_2.fastq

实际上，可以通过以下命令获得R1_1.fastq和R1_2.fastq

ls *fastq | paste - - 

或者可以通过以下方式获得

echo samplelist.txt

我的问题是如何将这两个命令合并到一行中？

ls *fastq | paste - - | xargs -n 2 | bismark -1 {} -2 {}

谢谢。

Answer 1

while read f g
do
  bismark -1 "$f" -2 "$g"
done < samplelist.txt

或者：

xargs -n2 sh -c 'bismark -1 "$1" -2 "$2"' . < samplelist.txt

Answer 2

有了数组，就很简单了：

a=(*fastq) ;  bismark -1 "${a[0]}" -2 "${a[1]}"

Answer 3

使用GNU并行，您将执行以下操作：

ls *fastq | parallel -N2 bismark -1 {1} -2 {2}