在Phyloclim R包中实现anc.clim时出错

Question

我试图在phyloclim中使用anc.clim函数，但被一个我不知道如何修复的错误卡住了。

我的工作区中有三个项目: etopo是一个50X14的双矩阵，第一列对应于一个环境变量的50个bin。随后的每一列都标有一个分类单元名称。

targetTree是phylo类的一个对象，它包含13个分类单元，它们的顶端标签对应于etopo中的分类单元(通过使用read.nexus从MrBayes读取.tre文件生成)

prunedPosteriorTrees是一个multiphylo类的对象，包含1000个系统发育树和13个分类单元，它们的顶端标签对应于etopo中的分类单元(通过使用read.nexus从MrBayes读取.t文件生成)。

我已经使用geiger的treedata函数确认了所有三个类群中的分类单元都匹配。

当我使用这些数据实现anc.clim时，会发生以下情况：

> climateReconstruction <- anc.clim(targetTree, posterior = prunedPosteriorTrees, pno = etopo, n = 2)
Error in noi(old, clades, monophyletic = TRUE) : 
  tips are not numbered consecutively. Type '?fixTips' for help.

当我键入?fixtips或??fixTips时，找不到任何文档。我还搜索了web和软件包文档，但都无济于事。有没有人有过这个错误的经验？我做什么好？

Answer 1

我已经解决了这个问题。帮助他人：

1. targetTree需要是一个超度量树，比如从BEAST分析得到的树。贝叶斯树不是超度量的。prunedPosteriorTrees文件也是如此。
2. fixTips已不复存在。它已被fixNodes所取代。使用此函数可解决错误。