用于计算DNA序列中GC含量的初学者Python脚本

Question

我正在尝试计算Rosalind问题的DNA序列的GC含量(以%为单位)。我有以下代码，但它返回0，或者只返回G或C的个数(没有百分比)。

x = raw_input("Sequence?:").upper()
total = len(x)
c = x.count("C")
g = x.count("G")

gc_total = g+c

gc_content = gc_total/total

print gc_content

我也尝试过这样做，只是为了得到G和C的计数，而不是百分比，但它只返回整个字符串的计数：

x = raw_input("Sequence?:").upper()
def gc(n):
    count = 0
    for i in n:
        if i == "C" or "G":
            count = count + 1
        else:
            count = count
    return count
gc(x)

编辑:我修复了第一个代码示例中print语句中的拼写错误。这不是问题所在，我只是粘贴了错误的代码片段(尝试了很多次……)

Answer 1

不应该：

打印cg_content

朗读

print gc_content？

至于另一段代码，您的循环说

if I == "C“or "G"：

这就是每次计算"G“为true，从而将if语句作为true运行。

相反，它应该是

if I == "C“or i=="G"：

而且，您也不需要那个else语句。

希望这能有所帮助。让我们知道它的进展如何。

阿卜杜勒·萨塔尔

Answer 2

你的问题是你执行的是整数除法，而不是浮点除法。

试一试

gc_content = gc_total / float(total)

Answer 3

您还需要将答案乘以100才能将其转换为百分比。