以批处理模式合并两个nd2堆栈

Question

我有一个包含以下Nikon NIS文件的文件夹：

P00_S00.nd2
P00_S11.nd2
P01_S01.nd2
P01_S12.nd2
P02_S02.nd2
P02_S13.nd2

最多：

P10_S10.nd2
P10_S21.nd2

我想用P(Position)将它们连接起来：

P00_S00.nd2 + P00_S11.nd2 = P00.nd2
P01_S01.nd2 + P01_S12.nd2 = P01.nd2

目前，我有一个需要打开这两个文件的ImageJ宏：

pt = "P00"

win1 = pt + "_S00.nd2"
win2 = pt + "_S11.nd2"

selectWindow(win1);
selectWindow(win2);

run("Concatenate...", "  title=" + pt + " image1=" + win1 + " image2=" + win2 + " image3=[-- None --]");
saveAs("Tiff", "~/out/" + pt + ".tif");

如何才能在不手动打开文件的情况下一次处理整个文件夹？ImageJ宏是否具有从文件名中提取迭代器的文本解析功能？

Answer 1

您可能希望使用“进程文件夹”脚本模板，该模板可从ImageJ脚本编辑器的模板菜单中找到。有关详情，请参阅：

• batch processing page on ImageJ wiki
• The Scripting with Fiji workshop