在r中为多个箱形图创建循环

Question

我设计了一个实验，观察进餐后血清标志物随时间的变化。我有一个由72个观测值和230个变量组成的数据帧，这被称为BreakfastM。

229个变量为血清标志物，1个为时间点。观察结果是不同的样本

我正在寻找血清标志物(如胆固醇)随时间变化的数据趋势。我已经创建了一个框图，它很好地显示了特定血清标记物与时间点的趋势。

这是我使用的代码

boxplot((BreakfastM$Variable~BreakfastM$Timepoint))

有没有一种快速的方法来测试数据帧中的所有变量，通过在R中编写循环代码来测试时间点？

Answer 1

如果您只是想要打印，使用tidyr (和dplyr)转换为长格式，然后使用ggplot2进行打印可能是最好的起点。

如果您只有少量的变量，则可以使用facet_wrap按度量拆分箱图。因为您没有提供可重现的数据，所以我使用齿轮数据，用“mtcars”代替您的时间点，并且仅限于要比较的数值。select挑选我想要使用的列，然后gather在传递给ggplot之前将它们转换为长格式

mtcars %>%
  select(gear, mpg, disp:qsec) %>%
  gather(Measure, Value, -gear) %>%
  ggplot(aes(x = factor(gear)
             , y = Value)) +
  geom_boxplot() +
  facet_wrap(~Measure
             , scales = "free_y")

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现在，有229个变量，这将不是一个可读的曲线图。相反，您可能想看看来自ggplus的facet_multiple，它将facet分布在多个页面上。在这里，我使用它为每个“页面”放置一个页面，您可以在查看器中查看或保存，具体取决于您的需要。

首先，保存基础图(不带镶嵌面)：

basePlot <-
  mtcars %>%
  select(gear, mpg, disp:qsec) %>%
  gather(Measure, Value, -gear) %>%
  ggplot(aes(x = factor(gear)
             , y = Value)) +
  geom_boxplot()

然后，将其用作facet_multiple的参数

facet_multiple(basePlot, "Measure"
               , nrow = 1
               , ncol = 1
               , scales = "free_y")

将生成与上面相同的面板，但每页一个(更改nrow和ncol会增加每页显示的面的数量)。

Answer 2

还可以使用循环将多个绘图写入工作目录中的图像文件。让我们创建一个10列矩阵，表示10个测量变量，每个变量分为3个因子水平：

data <- matrix(rnorm(150), nrow=15)
grps <- factor(c(rep("group1", 5), rep("group2", 5), rep("group3", 5)))

循环将每个箱线图写入名为var_1.png、var_2.png等的文件中。这将在您的工作目录中放置10个png。

for (i in 1:ncol(data)) {
  png(file = paste("var_", i, ".png", sep=""))
  boxplot(data[, i] ~ grps)
  dev.off()
}

这些文件非常小，您可以使用简单的图像查看器快速浏览它们。

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