即使在设置了jagspath之后，runjags也很难定位JAGS - error“where‘not found”

Question

似乎runjags突然(在更新到2.0.3-2版之后)在查找JAGS二进制文件时遇到了问题，并发出一个错误：

[1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n"
attr(,"class")
[1] "try-error"
attr(,"condition")
<simpleError in system("where jags", intern = TRUE): 'where' not found

我通过将这一行放到我的Rprofile中修复了这个问题

.runjags.options <- list(jagspath = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe")

这在很大程度上解决了这个问题(尽管这并不理想-以前的runjags版本可以自动找到二进制文件)。

但是，当Rgui (在Windows XP中)通过打开与其关联的.Rdata文件启动时，它将停止工作：

> .runjags.options # it was set in the Rprofile
$jagspath
[1] "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe"

> require(runjags)
Loading required package: runjags
Warning message:
package ‘runjags’ was built under R version 3.1.3 
> runjags.getOption("jagspath")
[1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n"
attr(,"class")
[1] "try-error"
attr(,"condition")
<simpleError in system("where jags", intern = TRUE): 'where' not found

这是一个bug吗？如何解决这个问题？

我目前在我的源代码中调用了require(runjags)之后的runjags.options(jagspath = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe")，但我希望尽可能避免这种情况！

Answer 1

问题出在findjags()函数中，更具体地说，是使用2003年添加到Windows中的“where”系统命令，因此Windows XP中不存在该命令。findjags()中有一些代码被设计用来检测Windows的早期版本，并恢复到另一种查找JAGS的方法，但是从1.x版开始这一点没有改变，所以我不知道为什么它突然停止工作。也许您的系统发生了变化，或者system()命令在R中的工作方式发生了变化。我已经修改了这段代码，以解决我认为的错误来源，但我没有访问Windows XP的权限(我对您的权限感到相当惊讶！)所以我不能测试它。我认为这不会有什么坏处，所以在对更新的Windows版本进行测试后，我将在下一个版本中包含它。

我也不知道为什么在打开.Rdata文件时找不到.runjags.options，但打开.Rdata文件可能会在设置对象之前加载库。我会调查这件事，但我可能对此无能为力。使用runjags.options()的另一种方法是在对run.jags等的调用中设置jags参数。