分子计算的内存存储系统

Question

我目前正在做一个MD模拟。它将分子的位置存储在一个矢量中。对于每个时间步，该向量被存储以在第二个向量中显示，从而导致

std::vector<std::vector<molecule> > data;

data的大小是time steps*<number of molecules>*sizeof(molecule)，其中sizeof(分子)是(已经减少的) 3*sizeof(double)，作为位置向量。尽管如此，对于更多的时间步长和分子数量，我仍然会遇到记忆问题。

因此，是否存在减少数据量的额外可能性？我目前的工作流程是，我首先计算所有分子，存储它们，然后使用每一步每个分子的数据来渲染它们，渲染是用Irrlicht完成的。(也许稍后再使用搅拌器)。

Answer 1

如果轨迹是平滑的，您可以考虑通过每N步只存储一次并通过插值恢复中间位置来压缩数据。

如果时间步长很小，则可以使用线性插值。三次样条可以提供最好的质量。无论如何，样条系数的计算是一个全局操作，您只能在最后执行该操作，并且需要额外的存储空间(!)，并且您可能更喜欢基数样条，它可以从四个连续的位置在本地构建。

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Answer 2

通过以单精度而不是双精度存储位置，您可以获得2倍的性能提升-如果不是用于模拟，它将足以用于渲染。

但最终，您需要将结果存储在文件中并离线渲染。