禁止来自deSolve::lsoda的错误

Question

我正在运行一些使用近似贝叶斯计算的算法(例如，参见Toni等人，2009)，这些算法需要使用随机生成的一组输入参数反复求解Lotka-Volterra方程组。我正在使用deSolve package中的lsoda函数。

偶尔，这个函数会抛出一个错误，我希望使用try(..., silent = TRUE)函数忽略这个错误，尽管这似乎不起作用(参见下面的示例)。设置options(show.error.messages = FALSE)也不起作用。

如何禁止打印来自deSolve::lsoda的错误消息？

require(deSolve)

# Differential equations defining the system
LV <- function(Time, State, Pars){

    with(as.list(c(State, Pars)), {

    dx <- a*x - x*y
    dy <- b*x*y - y

    return(list(c(dx, dy)))
    }
    )
}

# Parameters
pars <- c(a = 1.0, b = 1.0)

# Initial conditions
init <- c(x = 1.0, y = 0.5)

# Time steps
times <- seq(0, 15, length.out = 100)

problem_seeds <- c(7, 241, 361, 365, 468, 473, 649, 704, 724, 745, 838)

for (i in problem_seeds){
    set.seed(i)

    # Sample from pi(theta), prior for parameter vector (a, b)
    theta_star <- runif(2, -10, 10)
    names(theta_star) <- c("a", "b")

    # Simulate a dataset using these parameters (at the specified times)
    try(out <- lsoda(func = LV, 
            y = init, 
            parms = theta_star, 
            times = times), 
            silent = TRUE)
    dfs <- as.data.frame(out)
}

Answer 1

看看deSolve中的第44页，这种错误被描述为here。

你可以通过减小解决方案的绝对容差来解决这个问题。在您的示例中，以下方法有效：

out <- lsoda(func = LV, 
             y = init, 
             parms = theta_star, 
             times = times,
             atol = 1e-3)

注意:您的data.frame dfs将在每个循环中被覆盖，如果您希望在data.frame中获得problem_seeds的输出，您可以运行apply系列的函数。从现在开始，您不再需要try函数。