使用scatterplot3d绘制球体

Question

我有一个矩阵，所有氨基酸的x，y，z坐标。我使用以下函数在3D空间中绘制蛋白质图：

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
  scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], z = position.matrix[,6], type = 'o', color = 'blue')
}

position.matrix中的每一行代表一种不同的氨基酸。我想做的是修改函数，这样如果我传递给它一个" center“，它将对应于位置矩阵(列出氨基酸编号)列2中的一个数字，以及一个半径，我想要一个以该氨基酸为中心的球体。

例如，如果我传递它(position.matrix，9，3)，我希望它围绕氨基酸9绘制一个半径为3的球体。我已经在这里上传了位置数据的副本：http://temp-share.com/show/YgFHv2J7y

请注意，行计数并不总是规范计数，因为一些残差被跳过了。我会一直传给它“规范”的计数。

谢谢你的帮忙!

Answer 1

以下是您的代码的经过测试的修改。它为cex.symbols添加了一个长度为2的大小向量，该向量是通过向逻辑向量加1来选择的：

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
    scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], 
                  z = position.matrix[,6], type = 'o', 
          cex.symbols=c(1,radius)[1+(position.matrix[,2]==center)],  color = 'blue')
          }

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我想知道您真正想要的是不是rgl包。它具有形状和交互式打印环境。使用scatterplot3d，您可以使用以下代码将选定的点设置为红色：

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
myplot$points3d(position.matrix[3 , 4:6],  col="red", cex=10)

我还找到了一些代码来绘制一个“参数球体”，它可以用来创建一个突出显示的指示器：

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
a=seq(-pi,pi, length=10);
myplot$points3d(x=2*c(rep(1, 10) %*% t(cos(a)))+position.matrix[3 , 4] , 
 y=2*c(cos(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 5],
 z=2*c(sin(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 6],
 col="red", cex=.2)

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