我尝试通过BRugs和R2WinBUGS使用R中的WinBUGS,代码如下:
require(R2WinBUGS)
require(BRugs)
model<-function(){
for(i in 1:N){
y[i] <- x[i] + w[i]
w[i] ~ dnorm(0, sigma.y)
x[i] <- a - b*5 + v[i]
v[i] ~ dnorm(0, sigma.x)
}
a ~ dunif(0, 1)
b ~ dunif(-1, 1)
sigma.y ~ dgamma(0.1, 0.1)
sigma.x ~ dgamma(0.1, 0.1)
}
write.model(model, con = "model.bug")
modelCheck("model.bug")
# model is syntactically correct
N = 10
y = rnorm(100)
data = list(N = N, y = y)
inits = function(){
list(a = runif(1, 0, 1), b = runif(1, -1, 1), sigma.x= rgamma(1, 0.1, 0.1),
sigma.y = rgamma(1, 0.1, 0.1))
}
parameters = c("a", "b", "sigma.x", "sigma.y")
result.sim <- bugs(data, inits, parameters, "model.bug",
n.chains = 1, n.iter = 1000,
program= "winbugs",
working.directory = NULL,
debug = T)结果没有出来,我发现WinBUGS的log.txt的一部分
display(log)
check(C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/model.bug.txt)
model is syntactically correct
data(C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/data.txt)
data loaded
compile(1)
multiple definitions of node y[1]
inits(1,C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(1)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(a)很明显,error是multiple definitions of node y[1],但它是什么意思呢?我不认为y[1]有多个定义,因为我在loop中使用的是y[i],而不是y。
发布于 2013-04-17 19:48:16
当您没有正确定义模型的可能性时,往往会出现多个定义错误。如果您的数据中包含y,则需要在模型中声明y的分布。此时,模型中的y被设置为确定性(而不是随机)节点。根据您的实际模型,您可以设置
y[i] ~ dnorm(x[i], w[i])然后,你必须在每个容差wi上有一个不同的先验分布(只有正的东西)。
发布于 2013-04-19 16:55:48
在您的模型中,yi具有正态分布,均值为xi,方差由vi的方差加上wi的方差定义。因此,这将为您提供在yi ~ dnorm(xi,preci)中使用的适当参数。请注意,BUGS中的正态分布由精度=1/方差定义,因此精度<- 1/ (1/sigma.y + 1/sigma.x)。假设sigma是精度-尽管这是一个令人困惑的符号,因为sigma通常是一个标准偏差。
https://stackoverflow.com/questions/16057710
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