同时执行多个qsub命令

Question

我正在使用我们部门的计算集群和Sun Grid Engine。

当我必须运行多个R作业时，我通常编写名称为s01.sh、s02.sh、...、s50.sh的shell脚本文件，其内容为'R CMD BATCH r01.r'，'R CMD BATCH r02.r'，...，'R CMD BATCH r50.r‘。

然后我打开'PUTTY'，登录，然后必须输入'qsub s01.sh'，'qsub s02.sh‘....等。

如果有数百个工作，那么手动键入数百个工作是一项真正的劳动。有没有办法同时运行多个'qsub‘命令？

Answer 1

假设要运行的脚本位于当前文件夹中：

for file in s*.sh; do qsub $file; done

Answer 2

我认为您只需要按顺序运行qsub命令，因为qsub本身应该相当快。(提交的命令可能会并行运行。)

你只需要一个循环。

假设您已经创建了r*.r文件，使用一个小的shell脚本很容易做到这一点：

#!/bin/bash

for file in r*.r ; do
    script=$(echo $file | sed 's/^r/s/;s/\.r$/.sh/')
    (   
        echo "#/bin/sh"
        echo "R CMD BATCH $file"
    ) > $script
    chmod +x $script
    qsub $script
done