在R中创建切片树

Question

有没有人知道在R中有没有一个包或简单的方法来创建如下形式的树结构：

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我不是在寻找一种方法来创建一个像上面这样的好情节。我最大的问题是找到一种方法来处理这样的树，在这种树中，节点、叶子和子节点之间有明确的区别。例如，我希望能够通过调整字符串或向量来切换两个叶子。所以我猜这主要是“数据存储”的问题。

我已经寻找了相当长的一段时间，偶然发现了一个名为'Dendrogram‘的软件包。这个包的问题是(据我所知)它不允许标记内部节点，如‘H’和'V‘。只有最后的叶子才能携带一个值或字符串。

我找到的另一个包是'rpart‘，但我认为这些包只对回归树有用。

如果有人知道些什么，我将非常感谢你的帮助！

Answer 1

如果你有一个edgelist，你可以用igraph做一些非常类似的事情：

el <- matrix( c( "H" , "V" , "H" , "V2" , "V" , "1" , "V" , "V3" , "V3" , "3" , "V3" , "4" , "V2" , "2" , "V2" , "H2" ) , ncol = 2 , byrow = TRUE )
g <- graph.edgelist(el , directed = TRUE )
V(g)$label <- get.vertex.attribute(g, 'name')
plot(g,layout=layout.reingold.tilford)

您还可以在el命令中将节点命名为字母，然后使用get.vertex.attribute(g, 'name')查看结果节点的名称，然后传递您喜欢的任何字符矢量以获得图片中的标签。

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Answer 2

是的，rpart可能不适合您的需要。尝试使用phylobase包。

如果您的树可以从文件中读取，那么您可能可以使用某种XML tree解析器，比如this。