使用nlme运行gls时出错

Question

我正在尝试运行gls函数，但一直收到以下错误消息：

“对象错误(公式= ~var + FS，data = list(MINBIO15 = c(37L，：model.frame.default不是矩阵)”

我的数据如下所示：

                        MINBIO15  MAXBIO15  FS
Achyranthes_aspera         37      117      0
Achyropsis_avicularis      28      86       0
Alternanthera_adscendens  -999    -999      -999
Alternanthera_brasiliana   33      119      0
Alternanthera_caracasana   35      109      1
Alternanthera_cinerella    105     120      1
...

我的脚本是：

>tree<-read.tree ("tree.phy")
>clima<-read.table("mydata.txt",header=TRUE,na.strings=-999)
>clima<-na.omit(clima)
>match.phylo.data(tree, clima)
>var=(clima$MINBIO15)
> result.br <- gls(var ~ FS, clima, correlation=corBrownian(phy=tree),method="REML") 

数据和树提示完全匹配，并且我的数据是一个数据帧

也许你能给我一些建议？

Answer 1

看起来gls需要在data参数中引用它的所有数据值。您还没有给出一个完全可重现的示例，但显然这并不重要。如果我读入了上面的缩写数据集，请使用na.omit()，定义var，然后

gls(var~FS,clima)

我得到了和你一样的错误。如果我在数据框中使用变量的名称(MINBIO15)：

gls(MINBIO15~FS,clima)

我得到了明显合理的结果。

期待您的下一个问题:如果您想用不同的响应变量运行相同的回归，您可以使用如下内容

varname <- "MINBIO15"
form <- reformulate("FS",response=varname)
gls(form,clima, ...)