php或javascript中的分层聚类

Question

我目前正在从事一个生物信息学项目，该项目将对药物进行分析，并根据相似性模式对结果进行分组。

为此，我使用了欧几里德距离和马氏距离等算法。我目前使用的是库Clusterfck，但它非常有限，并且生成的信息完全不是默认的。

我想知道JavaScript或PHP中是否有其他库实现了这些计算。

Answer 1

在处理真实数据时，我不建议使用Javascript或PHP。两者都是解释型的，速度很慢，更适合呈现和显示web内容。出于同样的原因，除了clusterfck之外，您可能在Javascript中找不到太多的库来实现这一点。最好用其他语言进行分析，并使用这些语言来呈现它。

但是，我将分享一些其他语言的库：

scipy的一个扩展，它执行类似于Java implementation

• fastcluster，
• clustering in scipy
• scipy-cluster，R和Python

的操作