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Question

我有一个表"countdata“

    /share/Data01/zhangxi/workspace/Bioinformatics_Data/RNA_seq_program/01_4_DESeq2_analysis/B18-N.sorted.bam /share/Data01/zhangxi/workspace/Bioinformatics_Data/RNA_seq_program/01_4_DESeq2_analysis/B18-CA.sorted.bam
ENSG00000223972             0            0
ENSG00000227232           413          196
ENSG00000243485             0            0
ENSG00000237613             0            0
ENSG00000268020             0            0
ENSG00000240361             0            0

我和R一起做的。

colnames(countdata) <- gsub("((?:[^/]*/)*)", "", colnames(countdata))
colnames(countdata) <- gsub("\\.[sb]am$", "", colnames(countdata))

#change it into this
                B18-CA.sorted B18-N.sorted
ENSG00000223972             0            0
ENSG00000227232           413          196
ENSG00000243485             0            0
ENSG00000237613             0            0
ENSG00000268020             0            0
ENSG00000240361             0            0

我怎么能在一行中改变表格呢？

colnames(countdata) <- gsub(Regular_Expression, "", colnames(countdata))

Answer 1

也许你可以试试：

sub("\\.bam", "", basename(colnames(countdata)))

basename允许检索路径中最后一个/之后的内容。