R包的全局安装失败

Question

我正在运行cmd-line R(版本3.3.1)，没有任何问题。从CRAN或GitHub本地安装任何包(例如，对于运行会话的用户)都可以。

但是，为了全局安装页面，我使用：

$ sudo su -l -c "/usr/bin/R -e \"install.packages('package-name', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
/usr/bin/R: line 8: uname: command not found

以下R会话已启动，并且：

> install.packages('package-name',repos='https://cran.rstudio.com/')

在R会话中正确执行。

包组件被正确下载，在最后一个组件下载完成后，我得到了16个相同的实例：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

最后，紧随其后的是

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpqL1osU/downloaded_packages’
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
> 
> 
sh: 1: rm: not found

我尝试了devtools，swirl，...，所有我想为平台上的所有用户安装的包。

从本地库中的CRAN安装，即对于给定的用户，没有任何问题。有没有人能建议我该怎么做？谢谢。

Answer 1

当你使用sudo时，/usr/bin似乎不在你的$PATH中(来自/etc/sudoers的$PATH由sudo使用，etc/profile没有加载)。

一种解决方法是使用su -，然后执行安装(应加载etc/profile)。另一种解决方案可能是在sudo语句中将/usr/bin添加到$PATH。

Answer 2

我刚刚花了一个多小时来解决这个问题，所以我打算交叉发布一个对我有效的solution from RStudio (这篇文章在谷歌上更容易找到)。

我对reticulate有一些不相关的问题，所以我试着从头开始。在completely removing RStudio/r-base-core from Ubuntu 18之后，然后重新安装，我从上面注意到了这个问题：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

问题所在

在我的主目录中有一个来自上一次安装的.Renviron文件。它有GITHUB_PAT、GITHUB_USERNAME和一个PATH (到python)。一旦我删除了它，我就可以再次安装软件包了。