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问MPI聚集稀疏向量
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Stack Overflow用户

提问于 2013-03-02 06:23:29

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嗨，我有一个结果布尔C数组(sizeResults的大小)，它是非常稀疏的，因为大多数值都是假的。我正在使用MPI_GATHER从所有工作人员中收集此数组，但这非常耗时…

MPI_Gather(result, sizeResults, MPI_BYTE, result_final, sizeResults, MPI_BYTE, 0, MPI_COMM_WORLD);

有没有更有效的方法来做到这一点？谢谢!

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发布于 2013-03-02 07:49:20

我能想到几个，这取决于你的数组有多稀疏。一种简单的方法是将布尔数组压缩为位数组，将其减少到原始大小的1/8。

你可以做的其他事情：

不是Gather布尔值本身，而是Gatherv true值的索引。例如，如果一个进程具有数组{ T, F, F, F, F, F, T, F, F, T }，那么它将发送您想要获得创造性的数组{ 0, 6, 9 }.
If，可以将您的数组视为由段组成，其中段被定义为一个true值，后跟所有false值，直到下一个true值。使用上面的示例，您的3个网段将是{ T, F, F, F, F, F }、{ T, F, F }和{ T }。现在，您需要从每个进程Gatherv的只是每个段的长度。公平地说，这通常并不比方法1更有效。

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https://stackoverflow.com/questions/15167874

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