R将热图简化为pdf

Question

我想绘制一个简化的热图，用我正在使用的标量矢量图形程序(inkscape)来编辑它并不是那么困难。下面生成的原始热图包含许多矩形，我想知道是否可以将它们合并到不同的扇区中，以简化输出的pdf文件：

nentries=100000
ci=rainbow(nentries)
set.seed=1
mean=10
## Generate some data (4 factors)
i = data.frame(
  a=round(abs(rnorm(nentries,mean-2))),
  b=round(abs(rnorm(nentries,mean-1))),
  c=round(abs(rnorm(nentries,mean+1))),
  d=round(abs(rnorm(nentries,mean+2)))
  )
minvalue = 10
# Discretise values to 1 or 0
m0 = matrix(as.numeric(i>minvalue),nrow=nrow(i))
# Remove rows with all zeros
m = m0[rowSums(m0)>0,]
# Reorder with 1,1,1,1 on top
ms =m[order(as.vector(m %*% matrix(2^((ncol(m)-1):0),ncol=1)), decreasing=TRUE),]
rowci = rainbow(nrow(ms))
colci = rainbow(ncol(ms))

colnames(ms)=LETTERS[1:4]
limits=c(which(!duplicated(ms)),nrow(ms))
l=length(limits)
toname=round((limits[-l]+ limits[-1])/2)
freq=(limits[-1]-limits[-l])/nrow(ms)

rn=rep("", nrow(ms))
for(i in toname) rn[i]=paste(colnames(ms)[which(ms[i,]==1)],collapse="")
rn[toname]=paste(rn[toname], ": ", sprintf( "%.5f", freq ), "%")

heatmap(ms,
        Rowv=NA,
        labRow=rn,
        keep.dendro = FALSE,
        col=c("black","red"),
        RowSideColors=rowci,
        ColSideColors=colci,
        )

dev.copy2pdf(file="/tmp/file.pdf")

Answer 1

你为什么不试试RSvgDevice呢？使用它你可以保存你的图像为svg文件，这对于Inkscape来说要比pdf方便得多

Answer 2

我使用Cairo包来生成svg。这是非常简单的。这是一个比你的例子中的要简单得多的图：

require(Cairo)
CairoSVG(file = "tmp.svg", width = 6, height = 6)
plot(1:10)
dev.off()

在Inkscape中打开后，您可以取消对元素的分组并根据需要进行编辑。

示例(移动了点，添加了涡流)：

​

​

Answer 3

我认为我们(互联网)在这一点上还不够清楚。

让我从一个成功的导出示例开始

png("heatmap.png") #Ruby dev's think of this as kind of like opening a `File.open("asdfsd") do |f|` block
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=terrain.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))
dev.off()

在我看来，png位让我想起了对ruby块或方法的end调用，因为“嵌套”或封闭(在png()和dev.off()之间)代码输出的最后一行就是被转储到png文件中的内容。

例如，如果您运行以下代码：

png("heatmap4.png")
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=terrain.colors(32), scale="column", margins=c(5,15))
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=greenred(32), scale="column", margins=c(5,15))
dev.off()

它会将第二个(绿色配色方案，我刚刚测试过) heatmap输出到heatmap4.png文件，就像ruby方法默认返回最后一行一样