使用数据注释树节点，以便使用Java进化生物学库(JEBL)进行分析

Question

我正在使用JEBL，并且在使用这个应用程序接口时步履蹒跚，因为我在任何地方都找不到非常清晰的文档或示例。

我想要做的是在树中读取，其中分支用长度注释，节点也用注释。然后，我应该能够获取树叶并向上遍历树，同时检查节点的注释(使用JEBL遍历节点非常简单，我的问题实际上在于注释)。

它们是系统发育树，其中每个节点是一个物种，注释将标记特定节点上是否存在某些基因，并且可能有足够少的基因，以至于一个字符串就足够了(例如，如果有三个基因A、B和C，则可能的节点注释可能是"AB“、"AC”或"")，并且必须允许这不是唯一的(因为两个节点可能具有相同的基因集)。

目前，我正在以Newick格式读取树-我可以读入树，并具有分支长度和遍历树，但我不知道如何以一种有用的方式标记节点(它们必须能够以读取它们的格式进行注释，而不是在读取之后以编程方式进行注释)：

import java.io.IOException;
import java.io.StringReader;
import java.util.Set;
import jebl.evolution.trees.SimpleRootedTree;
import jebl.evolution.graphs.Node;
import jebl.evolution.io.ImportException;
import jebl.evolution.io.NewickImporter;
import jebl.gui.trees.treeviewer.TreeViewer;
import jebl.evolution.trees.Tree;

public class TreeLoader {  
    public static void main(String[] args) {
        String newick = "(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F;";
        StringReader sr = new StringReader(newick);
        NewickImporter ni = new NewickImporter(sr, true);
        try {
            SimpleRootedTree srt = (SimpleRootedTree) ni.importNextTree();
            Set<Node> leaves = srt.getExternalNodes();
        } catch (IOException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        } catch (ImportException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }           
    }   
    }

我看不到将节点注释包含在Newick表示中以便正确读入的方法。(我不能使用节点名称(上面例子中的A、B等)，因为它们必须是唯一的)。我一直在看Nexus format，但对它并不是很了解。我下载了Tree Graph来尝试创建合适的Nexus文件，但我不太清楚如何按照我的要求做注释。然后，我不确定JEBL是否会以一种有用的方式读取它们。我想未来的方法是使用JEBL的Attributable功能(因为Node实现了这一点)，但我不确定它将如何工作。

任何关于如何设置我的Nexus文件和/或如何让JEBL正确读取它们以及如何访问注释的建议都将非常感谢！

Answer 1

可能会离题，但您是否考虑过使用ETE Toolkit

除了搜索和遍历等一系列功能外，它还可以进行节点注释：

http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html#node-annotation