heatmap.2 (gplots软件包)-如何删除某些单元格中烦人的线条？

Question

我正在尝试生成一个简单的热图，其中的每一行和每一列都由一条黑线分隔。但是，由于某些原因，这种情况只发生在第一种颜色和最后一种颜色上。我的colorpanel()命令的中间颜色有一条附加的水平线和垂直线，当我使用heatmap.2()绘图时，我想去掉它。有什么建议可以解释为什么我会看到这些线条吗？

library(gplots)

my.matrix <- cbind(func.1 = c(1,2,2,1,1,3,1,2,3,1,1,2,2,3,1), func.2 =
c(2,2,1,1,3,3,1,1,2,2,1,3,3,2,1))

mycol <- colorpanel(n=3,"green","grey","red")

heatmap.2(my.matrix,Rowv=FALSE, Colv="Rowv", col=mycol, trace="both",
tracecol="black", key=FALSE, symm=FALSE, vline=NULL, hline=NULL)

链接到我得到的图：https://dl.dropbox.com/u/8900971/heatmap.png

Answer 1

也许有一种方法可以做你想做的事情，但当我读到你的上一条评论时，我的脑海中浮现出了ggplot2。您没有说它必须是一个heatmap.2解决方案，所以这里有一个ggplot2解决方案。虽然我假设gplots版本更有意义：

library(reshape2, ggplot2)
dat <- melt(my.matrix)

ggplot(dat, aes(x=Var2,y=Var1))+ 
    geom_tile(aes(fill = value),colour='black') +
    scale_fill_gradientn(colours=c("green","gray","red"),
    values  = rescale(c(min(dat$value), 1000, max(dat$value)))) +
    coord_equal()