从多个来源集成R/markdown/pandoc书目？

Question

这似乎是一个简单的问题:我有一个来自pubmed的medline xml格式的汇编书目。这与pandoc-citeproc很好地配合使用，可以格式化引文，并在文档末尾生成参考文献列表。我现在想集成我正在使用的R包中的引用，并在pandoc中生成一个统一的参考书目(通过pandoc-citeproc)。

pandoc-citeproc将从我的medline xml编写yaml和json书目。在运行pandoc之前，我同意(可能是手动)合并R和medline引用。但是，我在can ()和pandoc-citeproc中都看不到任何可以转换为medline的东西，也看不到可以用来创建统一书目的通用格式的citation()输出。

谢谢你的指点。

Answer 1

1. 我使用bibtex包将R引用写入文件

库(Ggplot2)库(Plyr)库(Limma)库(Bibtex) write.bib( c('bibtex'，'ggplot2'，'plyr'，'Biobase'，'limma')，文件"R.citations.bib“)

• pandoc接受多个书目参数。重要的是，如果可以识别书目文件名后缀，您可以使用不同的书目格式(.medline是ncbi格式)，pandoc似乎可以将所有内容放在一起：

R.citations.bib --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx