如何提取LSMEANS的置信限？

Question

我使用的是lsmeans提供的oranges数据。

library(lsmeans)
oranges.rg1<-lm(sales1 ~ price1 + price2 + day + store, data = oranges)
days.lsm <- lsmeans(oranges.rg1, "day")
days_contr.lsm <- contrast(days.lsm, "trt.vs.ctrl", ref = c(5,6))   

可以通过绘制plot(contrast(days.lsm, "trt.vs.ctrl", ref = c(5,6)))来可视化置信区间，但days_contr.lsm中不会显示这些置信区间

> days_contr.lsm
 contrast       estimate       SE df t.ratio p.value
 1 - avg(5,6) -7.8538769 2.194243 23  -3.579  0.0058
 2 - avg(5,6) -6.9234858 2.127341 23  -3.255  0.0125
 3 - avg(5,6)  0.2462789 2.155529 23   0.114  0.9979
 4 - avg(5,6) -4.6760034 2.110761 23  -2.215  0.1184

如何将置信区间提取到data.frame中？

> days_contr.lsm
 contrast       estimate       SE df t.ratio p.value lower.CL upper.CL
 1 - avg(5,6) -7.8538769 2.194243 23  -3.579  0.0058  ?       ?
 2 - avg(5,6) -6.9234858 2.127341 23  -3.255  0.0125  ?       ?
 3 - avg(5,6)  0.2462789 2.155529 23   0.114  0.9979  ?       ?
 4 - avg(5,6) -4.6760034 2.110761 23  -2.215  0.1184  ?       ?

Answer 1

confint(contrast(days.lsm, "trt.vs.ctrl", ref = c(5,6)))运行良好

Answer 2

冒着打死马的风险，我觉得问题的要点是获得置信区间，因为在days_contr.lsm中看到的只是t比率和P值。

这是因为汇总contrast()结果的默认方法是显示测试而不是CI，而汇总emmeans()结果的默认方法是显示CI而不是测试。summary.emmGrid()的infer参数控制您所看到的内容。因此，您可以使用以下命令获取配置项和测试

summary(days_contr.lsm, infer = c(TRUE, TRUE))

这将填充操作中的问号。顺便说一句，summary()结果属于c("summary_emm", "data.frame")类；它是一个具有特殊print方法的data.frame，该方法通常会显示一些额外的注释。

还有额外的emmGrid方法confint()和test()，它们分别与infer = c(TRUE, FALSE)和infer = c(FALSE, TRUE)一起运行summary() (尽管这两个方法都有额外的功能)。as.data.frame()方法就是as.data.frame(summary(...))。有关详细信息，请参阅emmeans::summary.emmGrid帮助页面。