关于community.to.membership函数

Question

library(igraph)
g=graph.famous("Zachary")
c=walktrap.community(g)
a=community.to.membership(g,c$merges,steps=2)
b=a$membership
modularity(g,b)

运行modularity(g,b)函数时，R没有响应。为什么？

Answer 1

这是igraph中的一个错误。community.to.membership函数返回一个从零开始的成员向量，而modularity需要一个从1开始的成员向量。

实际上，community.to.membership函数已被弃用，应该改用cutat函数：

library(igraph)
set.seed(42)
g <- graph.famous("Zachary")
c <- walktrap.community(g)
b <- cutat(c, steps=2)
modularity(g, b)
# [1] -0.02621631

顺便说一句。您的示例是不可重现的，因为walktrap.community不是确定性的，并且您没有设置随机种子。

Btw2.在igraph版本0.6-1和0.6-3 (和0.6-x)之间没有真正的区别，破折号后面的数字只是内部版本号。由于技术原因，包被重新构建，版本0.6-3包含与0.6-1相同的代码。

Answer 2

它适用于我(在将igraph更新到0.6-3之后)，给出

> modularity(g,b)
[1] -0.05041913

您可以尝试关闭R，更新igraph，然后重新运行代码。

Answer 3

我使用与@Hnery相同版本的igraph时遇到了同样的问题

下面是我安装的igraph版本：

subset(as.data.frame(installed.packages()) , Package == 'igraph', select =c('Package','Version'))
       Package Version
igraph  igraph   0.6-3

当我像这样替换成员向量(b)中的0时，它是有效的：

 b[b==0] <- 1
> modularity(g,b)
[1] -0.04191321

我没有同样的结果。