如何从graphviz的layout中获取坐标？

Question

我一直在用pygraph做一些项目。我完成了this example，它工作得很好。

现在，问题是:图形是以图片格式(gif)绘制的。我需要的是为gif图像上显示的图形布局获取每个节点的实际坐标。我该怎么做呢？我试了又试，但还是找不到解决这个问题的办法。我认为这个问题的解决方法应该是操纵以下两行中的一行：

gv.layout(gvv,'dot')
gv.render(gvv,'png','europe.png')

提前感谢！

Answer 1

您可以使用以下命令将布局信息添加到图形中：

gv.render(gvv)

然后找出获取其属性pos的节点的位置：

n_france = gv.findnode(gvv, "France")
pos = gv.getv(n_france, "pos")

然后，根据您想要执行的操作，您可能需要将点坐标转换为png图像坐标。你可以从这里获得有用的信息：

http://www.graphviz.org/faq/#FaqCoordTransformation

它详细地解释了从图形单元到图像像素的计算。

希望这就是你要找的。

Answer 2

我刚刚找到了一个类似的解决方案，完美地满足了我的需求。

pos = nx.drawing.nx_agraph.graphviz_layout(G, prog='dot', args='-Grankdir=LR')

干杯!

Answer 3

使用pydotplus，您可以加载和解析一个dot/gv文件，并询问pydotplus生成的数据结构，但是这个内部表示似乎最初并不拥有所有节点属性，比如pos，除非它们已经在文件中。

但是您也可以调用.write_dot()来生成一个更加冗长的点文件版本。如果你解析它，那么得到的数据结构似乎有所有节点的位置(甚至样条的位置)。

注意:也许最好通过名称而不是索引来索引节点，因为在详细文件中任何后面带有方括号的文本都将被解析为节点，因此节点列表可能会有虚假的额外元素。

在下面的(稍微编辑过的)实验中，在Spyder提示符下，我有一个简洁的点文件interior.gv (它没有节点的位置)，我先使用.graph_from_dot_file()，然后使用.write_dot()。然后在详细生成的文件上再次使用.graph_from_dot_file()，这样就可以根据需要找到pos。

import pydotplus as pdp

interior = pdp.graphviz.graph_from_dot_file('interior.gv')

interior.write_dot('interior2.dot')
Out[210]: True

interior2 = pdp.graphviz.graph_from_dot_file('interior2.dot')

interior2.get_nodes()[3].get_pos()
Out[214]: '"213.74,130"'