networkx -未知节点位置错误

Question

我刚刚开始使用networkx，并且正在使用它来构建有根的树。如果这是一个微不足道的问题，很抱歉，我在其他地方找不到解决方案。使用下面的代码，我得到了错误networkx.exception.NetworkXError: Node4没有位置。(在draw_networkx_nodes中)。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph() 
G.add_node(1)
G.add_node(2)
G.add_node(3)
G.add_node(4)
G.add_node(5)
G.add_node(6)
G.add_edge(1,2) 
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,5)
G.add_edge(2,6)
G.add_edge(3,4)
plt.title("Test") 
pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 
nx.draw(G,pos,with_labels=False,arrows=False) 
plt.savefig('nx_test.png') 

这在我创建节点4的时候就会发生。例如，当我有节点1到4和边1,2，1,3和2，4时，我得到了相同的错误。代码工作良好，直到我有节点4(有3个节点，它工作得很好)。无论我指定边的顺序如何，也会发生这种情况。

如果我直接指定边，我会得到相同的错误：

    >>> G4 = nx.DiGraph([(1, 2), (1, 3), (2, 5), (2, 6), (3, 4)])
    >>> nx.draw(G4,pos,with_labels=False,arrows=False) 


    Traceback (most recent call last):
       File "<stdin>", line 1, in <module>
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 133, in draw
        draw_networkx(G,pos=pos,ax=ax,**kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 266, in draw_networkx
        node_collection=draw_networkx_nodes(G, pos, **kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 373, in draw_networkx_nodes
        raise nx.NetworkXError('Node %s has no position.'%e)
       networkx.exception.NetworkXError: Node 4 has no position.

谢谢

Answer 1

这是由于两件事: 1) graphviz的安装不正确，从头重新安装清除了该错误。

其次，线路

       pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 

必须始终在绘制图形之前放置(并重复)，以考虑到新的节点/边。