在Fedora 17上安装python-igraph-0.6模块

Question

我尝试了一段时间为我的EPD-python安装python-igraph-0.6模块。我构建了C-core，并在不同的网站上按照说明执行了以下操作：

/home/joseph/epd/bin/python setup.py build

或

/home/joseph/epd/bin/python setup.py install

并且它总是生成相同的错误：

error: command 'gcc' failed with exit status 1

我将不得不做出可能的解释:要么是'gcc‘没有正常工作(但我已经用./configure，make，make install编译了C部分)，要么是因为某种原因没有正确链接。我已经看过类似的帖子并安装了python-devel包等等。但一切都没变。

完整的输出为：

[root@joseph python-igraph-0.6]# /home/joseph/epd/bin/python setup.py build
Using default include and library paths for compilation
If the compilation fails, please edit the LIBIGRAPH_FALLBACK_*
variables in setup.py or include_dirs and library_dirs in 
setup.cfg to point to the correct directories and libraries
where the C core of igraph is installed
()
Include path: /usr/include /usr/local/include
Library path: 
running build
running build_py
running build_ext
building 'igraph._igraph' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -O2 -fPIC -I/usr/include     -I/usr        /local    /include -I../../build/include -I../../include -I/usr/local    /include -I/usr/include -I/home/joseph/epd/include/python2.7 -c src/common.c -o     build/temp.linux-x86_64-2.7/src/common.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -O2 -fPIC -I/usr/include -I/usr/local/include -I../../build/include -I../../include -I/usr/local/include -I/usr/include -I/home/joseph/epd/include/python2.7 -c src/arpackobject.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/arpackobject.o
In file included from src/arpackobject.c:23:0:
src/arpackobject.h:27:27: fatal error: igraph_arpack.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

Answer 1

你得到的错误信息表明编译器找不到绑定到igraph的C核心所需的头文件。特别是，它缺少一个名为igraph_arpack.h的文件，但这不是唯一的文件，如果gcc在这条消息之后继续编译，还会有更多的文件。

igraph的Python接口的setup.py脚本依赖于pkg-config来确定在哪里查找头文件，但是在您的系统中这一操作失败了，可能是因为pkg-config本身没有安装。因此，我猜解决方案如下：

1. 确保在编译完C核心之后运行make install。您声称您这样做了，但我想我无论如何都要提到这一点，因为您的system.
2. Check上的completeness.
3. Install pkg-config通过输入pkg-config --cflags --libs igraph来让pkg-config知道已安装的igraph的C核心。如果你看到一堆编译器选项被打印到标准输出，那就没问题了。
4. 再次运行python setup.py install。这一次，它应该成功调用Python，获得所需的编译器选项，并编译pkg-config接口successfully.

如果它仍然不能工作(例如，因为您不能让pkg-config工作)，您可以打开setup.cfg并编辑include_dirs和library_dirs变量；前者应该指向要找到字形包含文件的文件夹(通常是/usr/local/include/igraph或/usr/include/igraph，这取决于您安装C核心的确切位置)，而后者应该指向libigraph.so所在的文件夹)。