如何在ggplot2中将地图与复杂的点显示结合起来？

Question

我正在尝试用非洲的背景地图绘制研究地点的点。我可以独立创建这两个，但我很难将它们叠加在一起。

我使用的非洲地图是来自maplibrary.org的Esri shapefile。它可以从我在https://www.dropbox.com/s/etqdw3nky52czv4/Africa%20map.zip的dropbox中找到。我有一个文本文件中的点，也可以从我的drop box中获得。https://www.dropbox.com/s/scvymytjsr5pvaf/SPM-437-22Nov12.txt。他们指的是关于疟疾寄生虫分子抗药性的研究。我想把它们画出来，颜色是带有抗药遗传标记的寄生虫的比例，大小是测试的寄生虫的数量。

独立绘制点：

qplot(Longitude, Latitude, data = d.spm.437, colour = Frc437, size = Tot437)

绘制非洲地图：

library(maptools)
africa = readShapePoly("Africa.shp")
africa.map = fortify(africa, region="COUNTRY")
qplot(long, lat, data = africa.map, geom="path", group=group)

任何帮助将这两个放在一起，同时保留点的显示，将不胜感激。

Answer 1

试试这样的东西。看起来对我很管用。我认为你的一些经度坐标是错误的。geom_point的fill颜色当前设置为Tot437，因此您可能想要更改此颜色。

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library(ggplot2)
library(rgdal)

africa <- readOGR("c:/test", layer = "Africa")
africa.map = fortify(africa, region="COUNTRY")

africa.points = read.table("c:/test/SPM-437-22Nov12.txt", header = TRUE, sep = ",")
names(africa.points)[which(names(africa.points) == 'Longitude')] <- 'long' # rename lat and long for consistency with shp file
names(africa.points)[which(names(africa.points) == 'Latitude')] <- 'lat'

ggplot(africa.map, aes(x = long, y = lat, group = group)) +
    geom_polygon(colour = "black", size = 1, fill = "white", aes(group = group)) +
    geom_point(data = africa.points, aes(x = long, y = lat, fill = Tot437, group = NULL), size = 4, shape = 21, colour = "black", size = 3)

顺便说一句，查看您的地图可能很难获得单个区域的详细视图，因此解决此问题的一种方法是通过子集，在本例中使用数据框。你可以这样做：

africa.map <- africa.map[africa.map$id == 'Madagascar', ]
africa.points <- africa.points[africa.points$Country == 'Madagascar', ]
ggplot(africa.map, aes(x = long, y = lat, group = group)) +
    geom_polygon(colour = "black", size = 1, fill = "white", aes(group = group)) +
    geom_point(data = africa.points, aes(x = long, y = lat, fill = Tot437, group = NULL), size = 2, shape = 21, colour = "black", size = 2)

...which应该会让你得到类似这样的东西：

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