如何在ggplot2中更改复杂填充的颜色？

Question

我正在绘制一张地图，上面有疟疾寄生虫抗药的不同研究地点。研究地点的点的大小与采样的疟疾寄生虫的数量有关，并且点的填充是耐药疟疾寄生虫比例的0到1的梯度。下面的代码显示了下面的映射：

###GENERATING AFRICA MAP###
africa = readOGR("/Users/transfer/Documents/Mapping Files/Africa Countries/Africa_SHP",    layer="dissolved")
#FIXING THE NON-NODED INTERSECTS#
africa = gBuffer(africa, width=0, byid=TRUE)
#CREATING DATA FRAME FOR GGPLOT#
africa.map = fortify(africa, region="ID")

###PLOTTING SPM.437###
#SCALING THE SAMPLE SIZE USING CUBE-ROOT#
size = d.spm.437$Tot437^(1/3)
#PLOTTING#
ggplot(africa.map, aes(x = long, y = lat, group = group)) + 
    geom_polygon(colour="black",   size=0.25, fill="white", aes(group=group)) +
    geom_point(data = d.spm.437, aes(x = long, y = lat, fill=Frc437, group=NULL, size=Tot437), 
        size=size, shape=21, colour="black", size=0.5)

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我尝试使用颜色选项，但不起作用：

ggplot(africa.map, aes(x = long, y = lat, group = group)) + 
    geom_polygon(colour="black",   size=0.25, fill="white", aes(group=group)) +
    geom_point(data = d.spm.437, aes(x = long, y = lat, colour="red", fill=Frc437, group=NULL, size=Tot437), 
        size=size, shape=21, colour="black", size=0.5)

有没有人知道如何让填充的颜色显示红色的比例，更亮的是0，更暗的是1？

Answer 1

正如我在评论中提到的，我认为你对设置和映射美学有一点困惑。

您可以将美学映射到aes()中数据框中的变量。因此，aes(color = var)将颜色美学映射到变量var，您将获得一个图例，以显示颜色如何随var变化。如果将aes()之外的颜色设置为单个值，则只需将所有点设置为单个颜色：color = "red"。

我怀疑您感到困惑的原因是，您在aes()中使用了size=Tot437，然后在aes()之外使用了size=size和size=0.5。

最后，要更改调色板，您需要了解scale_color_*函数(以及scale_fill_*, scale_size_*等)。下面是一个简单的示例来帮助您入门：

dat <- data.frame(x = rnorm(50),
                  y = rnorm(50),
                  f = runif(50))

library(ggplot2)
library(munsell)
cl <- mnsl(c("5R 2/4", "5R 7/10"))

ggplot(dat,aes(x,y,fill = f)) + 
    geom_point(size = 5,shape = 21) + 
    scale_fill_gradient(low = cl[1],high = cl[2])

我是怎么想出那种看起来很疯狂的颜色规格的？仅从scale_fill_continuous的前几行开始，然后查看一下孟塞尔包。

编辑:我完全忽略了你实际上使用的是pch = 21，它基本上是唯一的点形状，而fill美学是有意义的，所以我编辑了一下，删除了我对这一点的评论。