叠加多个图像+添加Colormap

Question

我是一名在细胞生物学实验室工作的本科生，有matlab的基本背景。我正在做一个在培养皿上追踪细胞轨迹(时间推移)的项目。下面是我使用分水岭功能从背景中分离出来的两个示例图像。原来的图片是绿色的霓虹灯，现在全是黑白的/

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假设我有20张这样的图片，我如何将一张图片叠加在另一张图片上，使它们都具有相同的透明度？那么，如何添加表示时间的色彩映射表呢？(最下面的图片是色彩映射表的一端，最新的图片是另一端) <-这是非常有挑战性的，因为它通常是黑色的，而不是NaN

Answer 1

基本思想

可能最简单的方法是获取每一层的二进制图像，然后将图像乘以获取它的时间(或它的时间索引)。然后，您可以沿第三维连接所有图像(使用cat)。可以使用max计算沿第三维的最大值。这将使较新的时间点看起来“在”较旧的时间点之上。然后可以使用imagesc显示生成的展平矩阵，它将自动映射到当前图形的色彩映射表。通常，我们将其称为最大强度投影。

创建一些数据

首先，由于您只提供了两个图像，因此我将为您为演示提供的第一个图像创建一些偏移版本。

% Create some pseudo-data in a cell array that represents the image over time
im = imread('http://i.imgur.com/xTurvfO.jpg');
im = im(:,:,1);

ims = cell(1, 5);

% Create some shifted versions of im1
shifts = round(linspace(0,1000,5));

for k = 1:numel(shifts)
    ims{k} = circshift(im > 100, shifts([k k]));
end

实现该方法

现在，对于我所讨论的方法的应用

% For each image, multiply the binary mask by the time
for k = 1:numel(ims)
    ims{k} = ims{k} * k;
end

% Concatenate all images along the third dimension  
IMS = cat(3, ims{:});

% Flatten by taking the maximum value along the third dimension
MIP = max(IMS, [], 3);

% Display the resulting flattened image using imagesc
imagesc(MIP);

% Create a custom colormap with black at the end to create our black background
colormap(cat(1, [0 0 0], parula))

结果

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Answer 2

我使用imfuse创建复合图像，这类似于在荧光显微镜上组合多个通道。Mathworks文档是http://www.mathworks.com/help/images/ref/imfuse.html。

棘手的部分是为颜色通道选择向量。例如，2, 1，2表示为图像1选择B(lue)，为图像2选择R(ed)和G(reen)。2,1,2是为色盲人士推荐的方案，并在this image的左侧给出了图形。使用1,0,2表示红色/蓝色给出了右侧的图。

fig1 = imread([basepath filesep 'fig.jpg']);     %white --> black
fig2 = imread([basepath filesep 'fig2.jpg']);

fig_overlay = imfuse(fig1, fig2,'falsecolor','Scaling','joint', 'ColorChannels', [1,0,2]);     
imshow(fig_overlay)