Matplotlib中等值线子图位置的设置

Question

我正在使用SciPy识别CT图像中的肿瘤。一旦我确定了包含肿瘤的切片，我将使用以下命令检索切片：

slice_x, slice_y = ndimage.find_objects(label_im==label)[0]

然后我绘制完整的图像，如下所示：

plt.imshow(image, cmap='gray')

我希望将提取的切片(包含肿瘤)的轮廓覆盖在原始图像的适当位置上。然而，我不能让等高线图位于适当区域的顶部。相反，等高线图始终位于图像的左上角。下面是我使用的代码：

plt.contour(mask[slice_x, slice_y], position=(slice_x.start, \
slice_y.start), linewidths=2, colors='r')

结果如下：

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如何在主图中设置轮廓图的位置？谢谢!

Answer 1

您需要使用extent关键字参数而不是position。然而，你需要指定一个最大值和一个起始值(即它需要为extent=[xmin, xmax, ymin, ymax])

在您的示例中，它看起来如下所示：

extent=[xslice.start, xslice.stop+1, yslice.start, yslice.stop+1]
plt.contour(mask[xslice, yslice], extent=extent)

请注意，您可能需要使用origin关键字参数(或翻转ymin和ymax)来控制解释输入数据的方式。

或者，您可以执行类似以下操作：

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, mask[xslcie, yslice])

如果你工作的区域很大，效率会有点低，但它要干净得多。

作为后一种方法的完整示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm

data = np.random.random((100,100))

xslice, yslice = slice(20, 30), slice(45, 65)

plt.imshow(data, cmap=cm.gray)

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, data[xslice, yslice])

plt.show()

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