R-如何从数据框中的单个列和行中获取字符串

Question

所以我试着在R中使用these problems来学习它。

但是我坚持使用the first problem来简单地计算字符串中字符的频率。我似乎甚至无法加载数据并访问字符串:-(

我该怎么做，比如打印这个文本文件中字符串的第一个字符？

这是我到目前为止尝试过的：

> rosalind_dna <- read.table("~/Downloads/rosalind_dna.txt", quote="")
Warning message:
In read.table("~/Downloads/rosalind_dna.txt", quote = "") :
  incomplete final line found by readTableHeader on '~/Downloads/rosalind_dna.txt'
>   viewData(rosalind_dna)
> str(rosalind_dna[1,1,1])
 Factor w/ 1 level "GGCCCGGTTACTGCGACTGAACAATCAAAATCTGAAGCATTTAAGCCAAACCAATTGAGATCGACTTACGAGCGATAACCCAGTATATTCAAGTGCTACTGATGAGGCGTGGTCCCCTGGACAAGGC"| __truncated__: 1

Answer 1

到目前为止，您所做的一切都很好。

read.table返回一个数据帧。在本例中，您只得到一个只有一列且该列中只有一个值的数据框。

默认情况下，R会将数据框中的字符列转换为系数。您可以使用as.character将其转换回来。

然后，您只需将该单个字符串拆分为单个字符(strsplit)，然后创建一个表(table)。(不需要循环！)

下面是一个玩具示例，说明了我提到的所有功能：

> dat <- data.frame(V1 = factor("abcdfjtusje"))
> str(dat)
'data.frame':   1 obs. of  1 variable:
 $ V1: Factor w/ 1 level "abcdfjtusje": 1
> x <- as.character(dat[1,1])
> x
[1] "abcdfjtusje"
> strsplit(x,"")
[[1]]
 [1] "a" "b" "c" "d" "f" "j" "t" "u" "s" "j" "e"

> strsplit(x,"")[[1]]
 [1] "a" "b" "c" "d" "f" "j" "t" "u" "s" "j" "e"
> table(strsplit(x,"")[[1]])

a b c d e f j s t u 
1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 
> 

Answer 2

我已经将链接中的文件复制到了/tmp/string.txt中。这个文件只有一行：

AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC

我们可以使用readLines命令读取该文件：

s = readLines("/tmp/string.txt")

变量s只是一个单独的字符串。为了拆分基数，我们使用：

strsplit(s, "")

然后使用table制作表格

table(strsplit(s, ""))

Answer 3

如果您想要显示整个文件的第一个字符，您可以执行以下操作：

s = readLines("Your file.txt",n=1)
substr(s, 1, 1)

要显示每行的第一个字符，请执行以下操作：

s = readLines("Your file.txt")
substr(s, 1, 1)

要显示每行的第n个字符：

n = 5
s = readLines("Your file.txt")
substr(s, n, n)