Contig扩展-搜索最小扩展

Question

我想写一个函数，将重叠dna序列(重叠dna序列)扩展成一个大的重叠序列。为此，我需要从包含这些序列作为键和值的字典中找到重叠的序列。我需要在初始序列的右边和左边找到“最小的扩展”，但我想不出如何真正找到最小的扩展。我还在浏览文档，但到目前为止还没有发现任何有用的东西，所以如果有人能给我指出一个方法，或者告诉我如何获得最小的扩展，我将不胜感激。

Answer 1

如果通过较小的读取扩展重叠群，请使用10，如下所示：http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html

否则，如果你连接大的重叠群，也许10%的长度可能是有用的？您可以使用阈值10%并删除匹配的序列。接下来，将阈值降低到长度的8%，然后再次进行匹配。

你不应该把它减到10以下。