lsf awk命令引号

Question

当我在bash终端中运行此命令时，它可以工作：

awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt

但当我运行这段代码时：

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"

它不起作用。我也试过把‘to’改成\‘，但同样不起作用。

我得到以下错误:对于第一种情况：

awk: { sum +=  } END { print sum }
awk:           ^ syntax error

对于我使用的案例\‘

awk: '{
awk: ^ invalid char ''' in expression

你知道我把语法搞乱了吗？我很迷惑。

谢谢

Answer 1

注意到错误消息中的$1消失了吗？

awk: { sum +=  } END { print sum }
awk:           ^ syntax error

这是因为在shell中，当您首先使用dbl-quotes引用某些内容时，就像您已经使用

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += $1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"

任何${var}引用都将扩展为其值。当单引号位于dbl引用的字符串中时，它们已经失去了阻止变量扩展的魔力。

如何修复，摆脱你的$。不确定什么是bsub，但这应该可以做到：

bsub -q priority -R'rusage[mem=2000]' -oo bin${count}.out -eo bin${count}.err \
"awk '{ sum += \$1 } END { print sum }' /user/dnaiel/test.txt > /user/dnaiel/sum.txt"
# -------------^^^

IHTH